アトンの追跡を振り切ろうと夜の森を走るガッツとキャスカ。だが、キャスカの体力が回復していないためアドンの軍勢に取り囲まれてしまう。次々と襲いかかる兵士やアドンの弟サムソンを倒したガッツだったが、自分も深い傷を負ってしまった。キャスカだけでも逃がそうと、決死の覚悟でアドンたちにに切り込んでいくガッツ。キャスカは決心を固め、必ず仲間を連れて戻ると走り出す。何とか追っ手を倒しつつ逃げるキャスカ。だが、ついに力つきて敵に押さえ込まれてしまうのだった！
絶対絶命のキャスカを、シュドー達の捜索隊が救った。すぐにガッツ救出へと向かったキャスカ達。もとの場所に戻ってみるとガッツは敵兵の死体の山の中で眠っているのだった……。鷹の団に戻り手当てを受けたガッツは、テントを抜けだしキャンプの様子を見ていた。そこにやって来たキャスカにガッツは言う。グリフィスやお前のように賭けるものを持っていない自分にとって、鷹の団はちょっと立ち寄っただけの場所だと、その言葉に驚いたキャスカはガッツが鷹の団を離れるつもりだと気づく……。
ここの攻略が戦の行方を決すると言われる要衝ドルドレイ城塞。だが、守備を務めるチューダー最強の紫犀聖騎士団によって、ミッドランド軍は苦戦を強いられていた。しかし、グリフィスは、その攻略に名乗りを上げる。実はこの城塞の総督は、かつてグリフィスが取り入った領主ゲノンだったのだ。一方、そのゲノンはグリフィスの噂を聞き、紫犀聖騎士団の将軍ボスコーンにその生け捕りを命じる。難攻不落の城塞に背水の陣ので挑む鷹の団。鷹の団として剣を振るうのはこれが最後と心に決めたガッツは、敵陣の奥深くまで突進し、紫犀聖騎士団の陣形を切り崩していくのだった……。
一度は敵陣に食い込んだものの退却する鷹の団。ゲノンは追撃をかけるが、それは城塞の守りを手薄にするグリフィスの策だった。隙を突いて城内に攻め込んだキャスカ達は、中に残っていたアドンを倒し、城塞を制圧。一方ガッツは、敵将ボスコーンとの一騎打ちで剣を折られ危機に立たされるが、どこからともなく飛んできた剣を手に取り、辛くも勝利した。チューダー軍は総崩れとなり、グリフィスに命乞いをする総督ゲノン。だがグリフィスは、あの時はあなたを利用させてもらったまでと言い、ゲノンを一突きするのだった。
熱狂的な民衆に迎えられ、鷹の団は王都に凱旋した。しかし王妃達は、グリフィスを葬り去る陰謀を企てていた……。王宮の祝賀会に出席した鷹の団は貴族達に引っ張りだこ。その雰囲気になじめないガッツに、こんな場所が嫌いなのになぜ、と聞くキャスカ。ガッツはそれに、グリフィスのことを見届けようと思った、と答える。それを聞いたキャスカは、鷹の団を離れるガッツの決意が固いことを知る……。そんな中、王によってグリフィスが将軍に叙せられることが伝えられ、それを祝して乾杯が執り行われた。だが、杯を飲み干したグリフィスは、その場に倒れてしまう！
グリフィス毒殺に、祝賀会は騒然とした雰囲気に包まれた。一方、陰謀の成功に上機嫌の王妃達。だが、王妃達の集まった館が火に包まれた。驚いた王妃が窓から外を見ると、そこには殺したはずのグリフィスが。陰謀を察知したグリフィスはフォスを取り込み、逆に王妃達を罠にはめたのだ。この策略を知る者はグリフィスとガッツのみ。全ては闇へと葬り去られたのだった。数々の事件の余韻も薄れた雪の降る夜。部屋から外を眺めていたキャスカは、旅立つガッツを見つける。ガッツを追ったキャスカは、鷹の団から出ていこうとするのを引き留めるが……。
キャスカやジュドーら仲間の説得も聞かず出ていこうとするガッツ。その前に立ちふさがったのはグリフィスだった。お前はオレの物だ、出ていくなら3年前と同じく剣で自分をもぎ取って行けと言うグリフィス。3年の間にガッツも腕を上げ、もはや腕は互角。踏み込んだグリフィスの剣を弾き、肩めがけて剣を打ち下ろすガッツ。勝負は一瞬で決まった！呆然とするグリフィスを残してガッツは去ってしまった……。その夜、シャルロット姫の部屋に忍び込んだグリフィスは姫の体を奪う。だが翌朝の帰り道、グリフィスは城の近衛隊に捕らえられてしまうのだった。
あれから一年、各地を放浪して剣を振るっていたガッツは、山間で鍛冶屋を営むゴドーのもとに身を寄せていた。一心不乱に修練に励んでいたガッツは、これを振ることでしか自分は生きられないと確信。世話になっていたゴドーのもとを出て旅に出ようとする。だがその時、鷹の団が反乱軍として追われている事をガッツは知る。
ガッツの出現で勢いを取り戻した鷹の団は、ついに敵を撃退。喜びの再会もつかの間、鷹の団に起こったことを知らされたガッツは驚く。ジュドーは、反逆罪で捕らえられて拷問を受けるグリフィスの救出計画をガッツに伝える。一方、ガッツに厳しい表情を見せていたキャスカは、お前が全てを台無しにしたんだ、と斬りかかった。そんなキャスカに、どうすりゃよかったんだと答えるガッツ。互いの心情をぶつけて心の通じ合った二人は、ついに結ばれるのだが……。ガッツが戻り、態勢を整えた鷹の団は、ついにグリフィス救出に向けてウィンダムに出発する！
ウィンダムの町外れの墓場にやって来たガッツ達は、隠された地下道から再生の塔へと向かう。その頃、残った鷹の団では信じられない事が起きていた。突如現れた怪物が、鷹の団に襲いかかったのだ。居合わせたリッケルトは、あまりの恐怖に立ちすくむ……。塔の中に突入したガッツ達は、最下層にある拷問室へ。そこで目にしたのは、変わり果てたグリフィスの姿だった。怒り震えるガッツは拷問官を剣で貫くと、押し寄せた警護兵を次々となぎ倒して階段を進んでいく。返り血を浴び血だるまのガッツは、塔の外で待ち伏せていた兵も切り倒し、グリフィスを連れて逃走するのだった。
ミッドランド軍の追っ手を退けたガッツ達だったが、グリフィスが戦えないことが分かり、鷹の団に動揺が走る。そんな中、ジュドーはガッツに今度こそはキャスカを連れて行けよ、と言う。だがキャスカは、自分はグリフィスとともに残ると言うのだった。その時突然、グリフィスの乗った馬車が走り出した。幻影に導かれ自由の利かない体で馬車を操るグリフィスだが、馬車から放り出されて沼に落下。するとその手には失ったはずのベヘリットが……。そして馬車を追って来たガッツグリフィスに駆け寄ると、日蝕が始まった！
突如出現した異空間に慌てふためく鷹の団。グリフィスを抱え上げたガッツは、血涙を流すベヘリットに気づく。そこへ4人のゴッド・ハンド達は、グリフィスは魔王へ転生し、鷹の団はその生け贄になるのだと言う。その言葉に呼応して周りの人影が、使徒へと変形し始めた。ゴッド・ハンドの一人、ボイドが降魔の儀を執り行うと言うと、地面が巨大な腕となり、グリフィスをゴッド・ハンド達の前に差し出す。ゴッド・ハンド達に自分の原風景を見せられたグリフィスは、無数の犠牲の上に夢を追求し、その夢がまだ達成されていないことを思い出す。ボイドは言う、夢を見果てぬなら、お前に残された全てを捧げれば新たな力を与えようと。一方ガッツは、巨大な腕を登りグリフィスに近づこうとする。それを見たグリフィスの唇が「捧げる」と静かに動く。するとボイドの手から放たれた光が、次々と鷹の団に烙印を刻み、それを合図に使徒達が一斉に鷹の団に襲いかかる！
使徒達に無惨に殺されていく鷹の団。だが、ジュドーやキャスカ達は、この悪夢から逃れようと必死でもがく。一方、ガッツは巨大な手の祭壇からグリフィスを救い出そうとするが、そこにも使徒達が迫る。絶望の中、使徒と戦うガッツの目に餌食にされようとするキャスカが写った。それを救おうとするガッツだが、腕に使徒が食らいつき動けない。その時、グリフィスが転生した新たなゴッド・ハンド、フェムトが誕生した。ガッツの前に舞い降りたフェムトは、あろうことかその眼前でキャスカを犯す。それをただ見せつけられるだけのガッツの右目には、怒りと憎悪、絶望と悲しみが刻まれるのだった……。時は経ち、鍛冶屋ゴドーのもとから旅立つガッツの姿があった。そしてその背中には巨大な剣が……。
