第五巻あらすじカザモリは唯一生き残った植物生命体の少女(奈良沙緒理)と共に、逃避行を続けていた。それを追うウルトラ警備隊。だが、ガルト星人はカザモリを今やウルトラセブンであると認め、彼の同意者であるかの様な言動を見せ、手引きすらしてみせる。しかし、カザモリは、地球の過去と現在、そして未来の全てが記録されているという、アカシックレコードに記された真実を確かめるまではと、心を許そうとしなかった。一方、地球防衛軍の壊滅と共に全ての拠り所を失ったイナガキ参謀は、ユキ隊員に、4年前に起こった彼女とアカシックレコードにまつわる事件の真相を告白し、ウルトラ警備隊もオメガファイルの中に記録されたアカシックレコードから、人類の未来を知り、愕然となる。全ての謎は、アカシックレコードが秘められた宇呂須神社にある…。
今、全ての者たちは宇呂須神社を目指す!

第四巻あらすじ星人たちの密かな侵略によって蝕まれていた地球防衛軍は、ウルトラ警備隊の決死の作戦によって爆破され、その機能は完全に失われた。
しかし、それは決して事態の解決ではなかった。既に星人たちの策謀が溶け込み、町は星人たちが発した特殊な電磁波によって洗脳され、全てに無反応な人々が溢れていた。誰もが知らぬ間に星人たちの支配は実行されていたのである。
だが、何故か電磁波の影響を受けていない少女・マユコがユキたちの前に現れる。
一方、ウルトラ警備隊は電磁波の発信源である新電波塔の爆破を計画する。しかし、それを阻止するべく、ウルトラ警備隊を抹殺しようと企む者たちが、暗躍を開始していた。

第三巻あらすじ地球防衛軍。それは、全人類を守るために、選び抜かれたエキスパートたちが宇宙からの侵略者と戦うために築き上げた平和への砦。
だが今、その砦を爆破せんと突き進む者がいた。彼らの名はウルトラ警備隊。
オメガファイルの開示を境に、宇宙の不可侵条約によって星人たちの武力行為は消滅し、遂に地球は平穏な日々が訪れていたはずだった。しかしその背後では、密かに星人たちによる地球防衛軍の占拠が進行していたのである。
もはや、真に地球の守護者たる者はウルトラ警備隊しかいなくなってしまったのだ…。

第二巻あらすじ前回のエピソードで、突如として怪獣ネオパンドンとのバトルを繰り広げたセブン。
その闘いの理由と、復活への道のりの真相は、まだ、誰も知らない。
この事件の前…宇宙に不可侵条約が締結され、地球には平和がやってきていた。
地球防衛軍の戦力も縮小され、ウルトラ警備隊の活動も終結的な方向へと向かうなか、突然、新隊員キサラギ・ユキ(勝村美香)が編入される。そんな折、怪事件が発生。ルミ隊員(あだち理絵子)がペガッサ星人と遭遇し、彼等の作り出した亜空間[ダーク・ゾーン]へと拉致されてしまったのだ。不可侵条約下で起こったこの事件は、条約を覆すペガッサ星人の侵略活動なのか?そして、ユキ隊員と秘密裏に交信を行うイナガキ参謀(野口雅弘)。その背後で暗躍する謎の男の真意は?

第一巻あらすじパンドンの遺伝子を引き継ぐ巨大生物「ネオパンドン」と戦うウルトラセブンは、苦戦を強いられていた、が突然、「ネオパンドン」は、金色の種子を放ち、消えてしまった。
ウルトラ警備隊はその種子の採取・分析をするが、それは地球上に存在しないものだった。ミズノ隊員(古賀 亘)とルミ隊員(あだち理絵子)は、ネオパンドンを動かしていたコントロールシステムを回収に向かうが、そこには模造品が残されているだけだった。
その頃、ウルトラ警備隊を去っているカザモリ(山ア勝之)は、枯れている花を蘇らせる事ができる少女ミツコに出会う。 彼女の正体は?そして、「ネオパンドン」と種子の関係は…。

絶対に知られてはならないトップ・シークレット“オメガファイル”が、地球防衛軍に隠されていた!
だが、地球防衛軍がこの秘密を死守する余り、非道な行為をしている事を知ったウルトラ警備隊は、地球防衛軍のカジ参謀を敵に回して立ち向かう。
だが、そこに待っていたのは、地球の歴史を根本から覆す衝撃の事実だった!
地球には人類以前に、ある先住民族が存在し、人類がそれを滅ぼしたという宇宙の掟に背く記録が“オメガファイル”に残っていたのだ。
遂に、ウルトラセブン自身が全宇宙から試される時がやって来た…。
しかし、セブンは宇宙の掟に背いた地球人の味方になる事を選び、全宇宙から裁きを受け、宇宙の闇へと旅立っていった…。


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