GPが打ち込んだ次元震動弾の暴走で時空の狭間へ落ちた天地は、同じく時空を彷徨う ももを探す。
同じ頃、GPから赦免を獲得した鷲羽は、魎呼や科学部メンバーの力を借り、時空の修復を図る。 いま、万感の思いを込めて汽笛が鳴る……のか？
1300年の時を駆けた少女は、桃の香りを残して本当の自分へと還っていく。