ST最後にして最大の難事件が幕をあける。 天才ハッカーによる囚人の脱獄事件が勃発。だが、犯人・鏑木徹(ユースケ・サンタマリア)は焼死体として発見された。 殺人の容疑者として逮捕されたのは、警視庁科学特捜班STのリーダー・赤城左門だった。 罪を認めた赤城は、その理由を「鏑木は許しがたいことをした」と言う。許しがたいこととは一体何なのか? その真意がわからないまま、リーダー不在でSTは解散することに……。 だが、赤城は留置場から脱走。警察は追跡に青山・結城・黒崎・山吹、つまりSTメンバーを招集。 皮肉にも、STは赤城を捕まえるため特別復活することに。 最高のチームが最大の敵になった瞬間だった。 赤城 vs STの逃走劇が始まる。 異動を2日後に控えたSTの責任者・百合根友久も、赤城の無実を信じ、捜査に参加、事件の鍵を探り当てる。 それは、[フギン]という感染したコンピューターから情報を抜き取るサイバー暴露ウイルスだった。 事情を知る謎の女・堂島菜緒美(安達祐実)に行き着くが、ひと足早く何者かによって誘拐されてしまう。 取り残された菜緒美の娘・椿(鈴木梨央)と行動を共にする百合根。そこへ赤城が現れて……。 張り巡らされた警察の包囲網の中、事件を追うことになったバディ。 百合根は赤城の真実を知ることができるのか?そして、複雑に絡み合う難事件の謎は、すべて解けてしまうのか……!?