対岸にシンガポールを望むマレー半島南端の街に向けて出発する超特急のカイ、リョウガ、タクヤの3人。とうとうマレー半島の終点に到着です！ヒントに隠された不思議なミッションフードに困惑しつつもその触感には大喜び。地元の人に大人気のローカルグルメで盛り上がったり、日本人にも馴染みのあるスタジアムでは予想外の歓迎に鳥肌が…！充実した最後の旅は果たして総決算となるのでしょうか！？

マラッカを楽しんだ超特急のカイ、リョウガ、タクヤの3人は次の目的地を目指して、マラッカの街から車で1時間30分ほどのゲマス駅から旅を再開します。ここからはまだ電化の進んでいない路線であり、鉄道の本数もぐっと少なくなるため、撮影時間の限られている3人には予想外の旅路となる様子。たどり着いた静かな街には、マレーシアで知らない人はいないという人気カフェが待っていました。

引き続き、人気観光地を楽しむことにした超特急の3人。ヨーロッパとアジアを結ぶ貿易港として栄えたマラッカには、文化が融合したグルメや歴史を感じる建物もたくさん！日本人になじみ深いフランシスコ・ザビエルが来日するきっかけを作った場所として、彼にまつわる場所を見学したり、マラッカを満喫します。やはりミッションは準備されていて…なかなか見つからない目的地に不安を覚えたころ、予想外の素敵な出会いも！？

超特急の3人が今回最長となる鉄道旅を終えて到着したのは、プラウセバン駅。数年前までタンピン駅と呼ばれたここは、ミッションの目的地でもある人気観光地マラッカから一番近い駅…とはいえ街までは車で1時間ほど！静かな駅前ということもあり、移動手段に迷っているうちに日が暮れてしまいます。ようやく到着したにぎやかなマラッカの街で、3人は絶品の名物料理に大興奮したり街ブラを楽しむことに。

大都会クアラルンプールから約1時間鉄道に揺られてきたカイ、リョウガ、タクヤ。街の景色も一変した港湾の静かな街で、マレーシアでも人気のスタミナ料理を探し求める。マレーシアが2回目の3人は、馴染みのある料理と分かって自信たっぷりだったが、まさかの事態に大混乱！甘さ控えめな絶品スイーツの数々を堪能したり、写真映えスポットとしても人気のモスクでその役割を学んだり…今まで知らなかったマレーシアを発見します。

クアラ（合流点）・ルンプール（泥川）の由来となったというKL発祥の場所近くに立つ、市内最古のモスク・マスジットジャメ。このモスク近くの駅から出発する今回のミッションは、イギリス統治時代に創業された100年越えの歴史ある場所を目指すことに。伝統の一品に笑顔が絶えない5人は、さらにヒンズー教の名所を訪れたり、5年ぶりに思い出の場所で記念撮影したりとクアラルンプールの街を満喫します。

2人だけで旅してきたユーキとタカシに、日本からカイ、リョウガ、タクヤが合流してとうとう超特急5人での「食べ鉄の旅」がスタート。みんなで探し求めるのはマレーシアの国民食ともいえる一皿。今回はすでに数日マレーシアで過ごしてきたユーキ、タカシと、到着したばかりのカイ、リョウガ、タクヤとのチーム戦に。久しぶりの再会でテンション高くミッション、観光を楽しむ5人に、恒例のマッサージが待っていて…。

山から湧き出るミネラルたっぷりの水が、美味しいものを生み出しているといわれているイポー。首都クアラルンプールから日帰り旅も楽しめる距離であり、バターを入れて焙煎したコクのあるホワイトコーヒーを始め、数々の名物グルメを楽しむことができる街。超特急のユーキとタカシもこの街だからこそ楽しめる一品を探して暑さの中ミッションに励んだが予想外の展開が待ち受けていた！まだまだ食べたりない2人は列車内でも…。

かつて鉱山で栄えた街、タイピンに到着した超特急のユーキとタカシ。早朝からの鉄道旅ということもあってお腹が空いて堪らない2人は、現地の人たちとのコミュニケーションを楽しみながら穴場のフードコートにたどり着きます。本日は雨予報にもかかわらず、晴天に恵まれて意気揚々の2人でしたが、ミッションでは思わぬ展開が…。「マレーシア初」の建物が数多く残るこの街では、興味深いものも待っています。

1話ではご紹介しきれないとばかりに、さらにペナン島を楽しむことになった超特急のユーキとタカシ。ミッションでは、少々高い湿度になかなか目的地が見つからない状況にお疲れ気味の2人。しかしやっと見つけた一品は、止まらない美味しさでしっかりエネルギー補給も済ませます。さらに、早速この旅一番？！とも言える美味しい料理に出会ったり、食べ鉄史上最高の絶景が待っています！

アロースター駅からマレー鉄道に初乗車！マレー半島を南下していきます。電化されて間もない路線の快適な鉄道旅に、超特急のメンバーもウトウト…。マレーシア有数の観光地ペナン島にほど近いバタワース駅に到着するユーキとタカシは、フェリーに乗り換えてミッションフードを探します。スパイシーフードに悶絶したり、ローカルグルメの美味しさに驚いたり、はたまた絶景に大喜びしたり、世界遺産の街を楽しみます。

第2弾で訪れたタイに隣接するケダ州の州都から、超特急が新たな旅をスタートさせます。初陣を切るのは、ユーキとタカシ。2人で旅をするのは初めてながら、なかなか息の合った（？！）コンビプレーでミッションをスタート！アロースター発祥の名物料理を求めて、駅構内で聞き込みに右往左往。前シリーズを懐かしむようにタイの雰囲気を感じたり、食べ鉄ならではの鉄道にちなんだカフェを訪れたり、落ち着いた雰囲気の街をゆったり観光します。